Сергей Пепеляев более 20 лет углубленно занимается вопросами налогообложения компаний и граждан, а также проблемами инвестиционной деятельности, судопроизводства.
Как практик он защищал в арбитражных судах, Верховном Суде РФ, Конституционном Суде РФ права и интересы компаний в самых масштабных и значимых судебных спорах о законности доначислений налогов и штрафов, отмене несоответствующих законам актов Правительства РФ, министерств и ведомств, неконституционных положений законов, консультировал по вопросам налогообложения инвестиционной и текущей деятельности, организовывал и руководил крупномасштабными проектами, связанными с созданием производств, привлечением средств в бизнес и др.
Под руководством Сергея Пепеляева компания на протяжении более чем 10 лет признается независимыми российскими и международными рейтинговыми агентствами и изданиями ведущей юридической фирмой в России. Юристы компании за ряд последних лет помогли клиентам сохранить более 5 млд. долл. США благодаря урегулированию налоговых споров как в судебном, так и в досудебном порядке. В 2013 г. рейтинговые агентства Chambers Global и Chambers Europe в очередной раз признали Сергея Пепеляева лучшим налоговым юристом России – Band Star (абсолютный лидер).
Как эксперт Сергей Пепеляев неоднократно приглашался Конституционным Судом Российской Федерации для выражения позиции по делу. Он участник совещаний Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации по вопросам налогообложения, финансов, арбитражного процесса. Эксперт Комитета по бюджету и налогам Государственной Думы Российской Федерации.
Сергей Пепеляев входит в состав Экспертного совета Министерства Юстиции Российской Федерации по мониторингу правоприменения, Экспертного совета при Уполномоченном при Президенте Российской Федерации по защите прав предпринимателей, Экспертного совета по налогам Торгово-Промышленной палаты Российской Федерации.
По приглашению Государственной Думы, Администрации Президента Российской Федерации, Министерства финансов РФ и др. ведомств неоднократно привлекался к разработке законопроектов, в частности Налогового Кодекса РФ, Закона об олимпийских играх, о трансфертных ценах и др.
Сергей Пепеляев является автором более двухсот статей, учебников, книг, по вопросам налогообложения, финансов, бюджета, арбитражного процесса, природопользования, интеллектуальной собственности.
Имеет степень кандидата юридических наук, преподает в МГУ и МГИМО. Является главным редактором популярного научно-практического журнала «Налоговед».
В 2013 году Всероссийский съезд адвокатов избрал Сергея Пепеляева в совет Федеральной палаты адвокатов. Он также входит в состав Совета Адвокатской палаты Московской области, активно участвует в государственных и общественных проектах, связанных с развитием юридической профессии в России, адвокатуры, судебной системы.
Является членом Попечительского Совета Фонда содействия Музеям Кремля. Лауреат престижной юридической премии «Фемида». Федеральной палатой адвокатов Российской Федерации награжден медалью «За заслуги в защите прав и свобод граждан», серебряной медалью имени Ф.Н.Плевако.